เมื่อวันที่ 19 ก.พ.58 ที่ศาลปกครองกลาง ถ.แจ้งวัฒนะ ศาลปกครองชั้นต้น นัดอ่านคำพิพากษา กรณี บริษัท สโมสรพัทยา จำกัด ฟ้องร้อง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย เรื่องการเลือกตั้งเมื่อ 17 ต.ค.56 ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เป็นเหตุให้ผู้ฟ้องคดีซึ่งเป็นสมาชิกสมาคมฯได้รับความเดือดร้อนเสียหาย จึงร้องขอให้มีการเพิกถอนการประชุมใหญ่การเลือกตั้งนายกสมาคม และให้ชดใช้สินไหมทดแทน
ศาลอ่านคำพิพากษายกฟ้องในคดีนี้ โดยประเด็นที่ผู้ฟ้องร้องระบุว่า นายวรวีร์ และสภากรรมการฯ พ้นวาระการดำรงตำแหน่งไปแล้วเมื่อวันที่ 16 มิ.ย.56 สามารถจัดประชุมใหญ่พิเศษเพื่อแก้ไขข้อบังคับของสมาคมฟุตบอลฯ วันที่ 9 ส.ค.56 และ 23 ส.ค.56 ชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ ศาลตัดสินว่าสามารถดำเนินกิจการต่อไปได้ เพราะเป็นการรักษาการ, ประเด็น นายวรวีร์ และสภากรรมการฯ ลงสมัครชิงตำแหน่ง และลงคะแนนเสียงในฐานะตัวแทนสโมสรสมาชิก ศาลตัดสินว่าสามารถทำได้ เพราะพ้นวาระไปแล้ว, ประเด็นที่ ดร.องอาจ ก่อสินค้า ที่ดำรงตำแหน่งเลขาธิการสมาคมฟุตบอลฯ เปลี่ยนแปลงประธานคณะกรรมการฝ่ายอุทธรณ์ของคณะกรรมการเลือกตั้งนั้น ศาลเห็นว่ามีอำนาจทำได้ ขณะเดียวกัน ก็ไม่มีสโมสรสมาชิกใดจาก 65 สโมสรร้องว่าถูกกีดกันในวันที่มีการเลือกตั้ง จึงทำให้การเลือกตั้งนายกสมาคมฟุตบอลฯ เมื่อ 17 ต.ค.56 ชอบด้วยกฎหมาย และ นายวรวีร์ ดำรงตำแหน่งนายกสมาคมฟุตบอลฯ ต่อไป
หลังฟังคำพิพากษา นายวรวีร์ กล่าวว่า เจตนาของตนและผู้เข้ามาทำงาน คือพัฒนาวงการฟุตบอลไทย ซึ่งเมื่อศาลตัดสินยกฟ้อง ทำให้สามารถเดินหน้าทำงานต่อไป โดยเฉพาะในปีนี้ ที่ทีมชาติไทย ต้องลงแข่งทั้งกีฬาซีเกมส์ ครั้งที่ 28, ปรีโอลิมปิกเกมส์ และ ฟุตบอลโลก 2018 รอบคัดเลือก โซนเอเชีย
ด้าน นายนรินท์พงศ์ จินาภักดิ์ ประธานฝ่ายกฎหมายสมาคมฟุตบอลฯ กล่าวว่า สมาคมฟุตบอลฯ จะพิจารณาฟ้องร้อง สโมสรพัทยา กลับฐานหมิ่นประมาท ไปที่ศาลอาญา จากการกล่าวหาว่า ผศ.ดร.วิวัฒน์ชัย กุลมาตย์ ถูกหลอกลวงให้มาทำหน้าที่ประธานคณะกรรมการอุทธรณ์
ขณะที่ นายณฐภณ ปัญญาคณานุกูล ประธานสโมสรพัทยาเอฟซี ตัวแทนจาก บริษัท สโมสรพัทยา กล่าวว่า จะยื่นอุทธรณ์ต่อศาลปกครองสูงสุดต่อไป โดยยังมีหลักฐานที่จะยื่นประกอบ และเรียบเรียงให้ดีกว่านี้ นอกจากนี้ในวันที่ 24 ก.พ. ยังเตรียมไปให้ข้อมูลกับศาลอาญากรุงเทพใต้ ในคดีที่ได้ฟ้องสมาคมฟุตบอลฯ เรื่องการปลอมแปลงเอกสารอีกด้วย