ฝ่ายจัดการแข่งขันโคปา อเมริกา 2016 ประกาศยืนยันก่อนหน้าการแข่งขันจะเริ่มต้นขึ้นว่า ทัวร์นาเมนต์นี้จะเป็นทัวร์นาเมนต์แรกที่มีการนำกฎใหม่ที่เพิ่งมีการรับรองจากสหพันธ์ฟุตบอลนานาชาติ (ฟีฟ่า) มาทดลองใช้ด้วย
บอร์ดสมาคมฟุตบอลนานาชาติ (ไอเอฟเอบี) ได้มีมติเห็นชอบเกี่ยวกับการร่างกฎใหม่ขึ้นมาหลายอย่างสดๆ ร้อนๆ ในสัปดาห์นี้ และโคปา อเมริกา ได้ทำการขานรับทันที โดยหนึ่งในนั้นคือการเพิ่มกติกาให้สามารถเปลี่ยนตัวสำรองได้เป็น 4 คน จากเดิม 3 คน ถ้าการแข่งขันดำเนินถึงช่วงต่อเวลาพิเศษ
อย่างไรก็ตาม โคปา อเมริกา จะมีการต่อเวลาในรอบชิงชนะเลิศแค่เกมเดียว โดยในรอบ 8 ทีมสุดท้าย และ 4 ทีมสุดท้ายหากเสมอใน 90 นาทีจะยิงจุดโทษตัดสินหาผู้ชนะทันที
นอกจากนี้ ยังมีการปรับเปลี่ยนในกฎการสะสมใบเหลืองด้วย โดยนักเตะที่สะสมใบเหลืองครบ 2 ใบจะโดนแบนในนัดต่อมาตามเดิมตั้งแต่รอบแบ่งกลุ่มไปจนถึงรอบ 8 ทีมสุดท้าย แต่เมื่อเข้าสู่รอบรองชนะเลิศจะให้ล้างใบเหลืองทั้งหมด เพื่อที่นัดชิงชนะเลิศจะได้ไม่มีนักเตะติดโทษแบน เว้นแต่จะโดนใบแดงในรอบรองชนะเลิศ.